Не буду плодить темы, раз уже есть по 2НДФЛ.
Суть
а назрела еще год назад, да все некогда было описать проблему.
Причина по адресу ЗП, формирование справочников, нормативные справочники, таблицы подоходного налога, настройка видов доходов. Если как у нас, 2000 код указать 2 раза присвоив ему разные колонки начислений (например доход с основного оклада и доход с районных надбавок), то подоходный считается правильно. А вот в справке 2НДФЛ и в выгружаемом файле суммы дохода по 2000 коду задваиваются.
Вы уж разберитесь с алгоритмом формирования отчетности в налоговую, а то по данным программы считается одно, а в налоговую формируется совершенно другое.